Sur la piste des origines du Covid-19

Alors que le virus Covid-19 (coronavirus SARS-CoV-2) continue de se propager et de faire des victimes dans le monde entier, ses origines restent inconnues. Chaque communauté scientifique propose sa propre théorie, certains suggérant que le virus pourrait avoir fui d’un laboratoire.

Une autre théorie, basée sur des études récentes du marché humide de Wuhan en Chine, ainsi que sur d’autres menées au Cambodge, au Laos, au Japon, en Chine et en Thaïlande, postule qu’un virus ancestral chez les chauves-souris rhinolophus a cessé d’infecter les animaux sauvages et/ou domestiques. aux humains. En effet, dans ces différentes études, plusieurs virus aux séquences génétiques très proches du SARS-CoV-2 ont été isolés de ces chauves-souris.

un chaînon manquant

Bien qu’il ait été démontré que certaines espèces de chauves-souris hébergent naturellement ces coronavirus, le ou les animaux sauvages ou domestiques qui ont servi de pont entre eux et les humains, le chaînon manquant, restent non identifiés. Les pangolins ont d’abord été suspectés, mais semblent maintenant avoir été des victimes collatérales plutôt que l’un de ces chaînons manquants dont on parle beaucoup. En fait, une séquence du génome du coronavirus détectée chez les pangolins était liée à celle du SRAS-CoV-2, mais le reste du génome était trop éloigné génétiquement pour étayer l’hypothèse.

De plus, les pangolins hôtes dans lesquels des virus génétiquement proches du SRAS-CoV-2 ont été trouvés avaient pour la plupart été saisis sur les marchés d’animaux vivants, en bout de chaîne d’approvisionnement. En conséquence, ils avaient été en contact prolongé avec d’autres espèces animales. Il est très probable qu’ils aient été infectés le long de cette chaîne d’approvisionnement et non dans leur environnement naturel. Les élevages de visons étaient également soupçonnés d’être des hôtes intermédiaires en Chine.

Il est peu probable que les pangolins aient été l’hôte intermédiaire du virus.
Arief Budi Kusuma/Shutterstock

Enfin, les pangolins et les chauves-souris rhinolophus ne partagent pas le même habitat, il est donc très peu probable qu’il y ait eu un contact entre les deux espèces chez lesquelles le virus a sauté de l’une à l’autre. En revanche, les civettes et les chiens viverrins pourraient être une source intermédiaire de SARS-CoV-1). Les rongeurs ou les primates pourraient également être porteurs d’agents pathogènes à potentiel zoonotique, tels que les hantavirus, qui peuvent provoquer une fièvre hémorragique avec syndrome rénal, ou des filovirus, dont le virus Ebola. Ce dernier est transmis à l’homme par les animaux sauvages, en particulier les chauves-souris, les antilopes et les primates tels que les chimpanzés et les gorilles, puis se propage entre les humains, principalement par contact direct avec le sang, les sécrétions et autres fluides corporels des personnes infectées. Le taux de mortalité moyen est d’environ 50 %.

En 2013, les premiers cas de maladie à virus Ebola ont été détectés en Afrique de l’Ouest. L’augmentation de ces cas a causé plus de 10 000 décès, principalement en Guinée, au Libéria et en Sierra Leone.

L’habitude risquée de manger de la viande de brousse

Par conséquent, des activités telles que la chasse, la manipulation d’animaux ou la consommation de viande de brousse créent les conditions permettant aux virus de se propager des animaux aux humains, un phénomène potentiellement dévastateur appelé « débordement ».

Le projet ZooCov a cherché à définir et quantifier ce risque au Cambodge. Depuis près de deux ans, et depuis le début de la pandémie, elle a adopté une approche « One Health » pour explorer si, et comment, des agents pathogènes comme les coronavirus peuvent être transmis à l’homme à partir d’animaux sauvages qui sont chassés et mangés. .

En fait, en Asie du Sud-Est, les animaux sauvages font régulièrement l’objet d’un commerce et la viande de brousse est couramment consommée. Cette habitude alimentaire est souvent opportuniste. Dans certaines communautés, il complète un régime pauvre en protéines. Elle peut aussi être fréquente et ciblée. Au Cambodge, 77 % des 107 familles interrogées dans le cadre du projet ZooCov ont déclaré avoir mangé de la viande de brousse au cours du mois écoulé.

L’utilisation à des fins médicinales est également très répandue. Au Vietnam, une analyse des dossiers des autorités vietnamiennes qui ont saisi des pangolins et des sous-produits connexes entre 2016 et 2020 a fait état de 1 342 pangolins vivants (6 330 kg), 759 pangolins morts ou carcasses de pangolins (3 305 kg) et 43 902 kg d’écailles de pangolin.

Cependant, cette consommation a aussi une dimension culturelle et sociale encore mal appréhendée. Chez les aisés, et souvent dans les grandes villes, les gens mangent parfois de la viande de brousse par désir de statut social et par la conviction que sa consommation leur donne les attributs physiques ou physiologiques de l’animal. Parfois, ils mangent aussi de la viande d’animaux sauvages par rejet de la viande produite industriellement, considérée comme malsaine. Les animaux sont largement élevés pour répondre à cette demande et à la demande de production de fourrure.

Dans les provinces cambodgiennes de Stung Treng et de Mondolkiri, où subsistent des zones forestières protégées, des chercheurs ont interrogé plus de 900 personnes vivant à la lisière de ces forêts pour déterminer la structure du commerce illégal de viande de brousse. Des analyses statistiques sont en cours pour identifier les personnes les plus à risque de contact avec la faune sauvage et donc avec ces agents pathogènes. Nous savons déjà que les personnes exposées sont majoritairement des hommes jeunes de la classe moyenne et que certaines communautés sont plus exposées que d’autres. Des études sociologiques ont également permis de mieux comprendre le contexte actuel : le cadre légal, les profils des acteurs du commerce, leurs motivations et freins au commerce et à la consommation d’animaux sauvages, et comment le contexte a évolué à chaque crise sanitaire différente. (grippe aviaire, ebola, SARS-CoV-1, etc.).

Quelles populations sont les plus à risque ?

Ces crises successives semblent n’avoir guère affecté les mœurs de ces communautés. En plus de manger régulièrement de la viande de brousse, un quart des ménages interrogés ont déclaré qu’ils chassaient ou piégeaient encore de la viande de brousse, et 11 % ont déclaré qu’ils vendaient de la viande de brousse ou de la faune. Par ailleurs, dans les mêmes zones d’étude, plus de 2 000 échantillons prélevés sur des animaux sauvages victimes de trafic ou consommés à des fins de subsistance – chauves-souris, rongeurs, tortues, singes, oiseaux, sangliers, etc. – ont été analysés. Certains de ces échantillons ont été testés positifs au coronavirus et les scientifiques de l’Institut Pasteur du Cambodge (IPC) séquencent actuellement leur génome pour tenter d’en savoir plus sur leur origine, leur évolution et leur potentiel zoonotique. Enfin, les chercheurs ont prélevé des échantillons de sang sur plus de 900 personnes d’une même région pour savoir si elles avaient été en contact avec le coronavirus ou le coronavirus. Ces analyses sont toujours en cours, mais ce que nous savons, c’est que ces personnes n’avaient pas été exposées au SRAS-CoV-2 au moment de la réalisation de l’enquête.

Si la crise du Covid nous a appris quelque chose, c’est l’importance de détecter précocement ce type d’urgence pour étouffer dans l’œuf les pathogènes. Alors que de nombreuses questions subsistent sur la façon dont les cas surviennent, il y a tout autant de questions sur les systèmes de surveillance qui doivent être mis en place pour les suivre. Les résultats du projet ZooCov seront utilisés pour développer un système de détection précoce de la propagation des virus zoonotiques, notamment en renforçant le système de surveillance de la santé de la faune sauvage déjà en place au Cambodge, qui a été mis en place par le Wildlife Société de conservation (WCS). D’autres projets de recherche et développement à grande échelle nous aideront à comprendre, détecter et prévenir ces phénomènes de cas émergents.


Les auteurs tiennent à remercier le Ministère de la Santé du Cambodge, son Ministère de l’Agriculture, des Forêts et de la Pêche, et son Ministère de l’Environnement, ainsi que tous les partenaires du projet : Institut Pasteur du Cambodge (IPC), Life Conservation Society Wildlife (WCS), Flora and Fauna International (FFI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), University of Hong Kong (HKU), the GREASE network, International Development Enterprise (iDE), World Wildlife Fund (WWF), Elephant Livelihood Initiative Environment (ELIE ), BirdLife International, Jahoo et World Hope International.

Traduit du français par Thomas Young pour Fast ForWord.

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